วันที่ 9 กุมภาพันธ์ 2548 มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ได้จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ พ.ศ. 2548 โดยการหลอมรวมสถาบันการศึกษาที่มีศักยภาพในการพัฒนาในจังหวัดนราธิวาสจำนวน 4 สถาบัน คือ
1. วิทยาลัยพยาบาลบรมราชชนนีนราธิวาส สังกัดกระทรวงสาธารณสุข
2. วิทยาลัยเทคนิคนราธิวาส
3. วิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยีนราธิวาส
4. วิทยาลัยการอาชีพตากใบ ซึ่งสังกัดกระทรวงศึกษาธิการ
คณะเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ เป็นคณะเกษตรศาสตร์แห่งแรกของสถาบันอุดมศึกษาในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้โดยในปี พ.ศ.2549 ได้มีประกาศกฎกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ ลงวันที่ 14 พฤศจิกายน 2549 คณะเกษตรศาสตร์นับเป็นส่วนราชการใหม่ที่ได้จัดตั้งขึ้นพร้อม ๆ กับการจัดตั้งมหาวิทยาลัยฯ ในระยะแรกของการจัดตั้ง มหาวิทยาลัยได้แต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินงานและพัฒนาคณะเกษตรศาสตร์ เพื่อวางแผนกรอบอัตรากำลัง การพัฒนาหลักสูตร และจัดทำแผนแม่บทการพัฒนาคณะ
โดยมีรองศาสตราจารย์ เสาวนิต คูประเสริฐ กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิของสภามหาวิทยาลัย เป็นประธานกรรมการ และ ดร.จงรัก พลาศัย อธิการบดีในสมัยนั้น เป็นที่ปรึกษา การดำเนินงานในระยะแรกนั้น
คณะฯ ได้ขอใช้อาคารโสตทัศนศึกษา ของวิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยีนราธิวาส เป็นสำนักงานชั่วคราว คณะเกษตรศาสตร์ อัตรากำลังในระยะแรก คณะฯ ได้มีการบรรจุอาจารย์ประจำ ด้านพืชศาสตร์และสัตว์ศาสตร์จำนวน 6 ท่าน รวมทั้งรับโอนอาจารย์จากวิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยีเกษตรเข้ามาเป็นอาจารย์ประจำคณะเกษตรศาสตร์
ทำเนียบคณบดี
คณะเกษตรศาสตร์ มีคณบดีที่ได้รับการแต่งตั้งจากสภามหาวิทยาลัย จนถึงปัจจุบัน จำนวน 3 ท่าน ประกอบด้วย
- คนแรก อาจารย์มงคล วชิรอำไพ
ดำรงตำแหน่งรักษาการคณบดี คณะเกษตรศาสตร์คนแรก ในปี 2550-2557
- คนที่สอง ผู้ช่วยศาสตราจารย์ทวี บุญภิรมย์
ดำรงตำแหน่ง คณบดีคณะเกษตรศาสตร์ พ.ศ 2557-2562
- ปัจจุบัน คือ ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.จักรพันธ์ พิชญพิพัฒน์กุล
( 22 กรกฏาคม 2562- ปัจจุบัน)
เปิดรับนักศึกษาครั้งแรก
คณะเกษตรศาสตร์ เปิดรับนักศึกษาครั้งแรกในปีการศึกษา 2549 โดยการรับโอนนักศึกษาหลักสูตรครุศาสตรอุตสาหกรรมบัณฑิตจากวิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยีนราธิวาส และเปิดรับผู้ที่จบการศึกษาระดับอนุปริญญาหรือเทียบเท่าจากสถาบันการศึกษาในพื้นที่ เข้ามาศึกษาต่อในหลักสูตร วิทยาศาสตรบัณฑิต (ต่อเนื่อง) หลักสูตรใหม่ พ.ศ.2549 สาขาวิชาเกษตรศาสตร์
และในปี 2551 ได้เปิดรับนักศึกษาในหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเกษตรศาสตร์ หลักสูตรใหม่ พ.ศ. 2551 แบ่งเป็น 2 กลุ่มวิชาคือ กลุ่มวิชาพืชศาสตร์ และสัตวศาสตร์ โดยใช้ทรัพยากร ด้านอาคารสถานที่ ห้องปฏิบัติการ แปลงฝึกปฏิบัติงานของนักศึกษา ของวิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยีนราธิวาส ณ บ้านป่าไผ่ ต.ตันหยงลิมอ อ.ระแงะ จ.นราธิวาส ตั้งแต่ปี 2549 -2552 รวมระยะเวลาทั้งสิ้น 4 ปี
ปี พ.ศ.2552
ในปี พ.ศ. 2552 ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.จงรัก พลาศัย อธิการบดีมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ ในขณะนั้น มีนโยบายให้คณะเกษตรศาสตร์ย้ายจากวิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยี มายังพื้นที่ศูนย์ราชการใหม่ เพื่อเพิ่มโอกาสในการพัฒนา โดยมหาวิทยาลัยได้ขอใช้พื้นที่ดินสาธารณประโยชน์บริเวณทุ่งหญ้าเลี้ยงสัตว์บาโงตารง (โคกมะเขือ) บ้านทุ่งกง หมู่ที่ 8 ตำบลโคกเคียน อำเภอเมือง จังหวัดนราธิวาส จำนวน 156 ไร่ ซึ่งอยู่ติดกับพื้นที่ศูนย์ราชการใหม่เขตโคกเขือ จากกรมที่ดิน เพื่อรองรับการพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานและฟาร์มคณะเกษตรศาสตร์ แต่พื้นที่ดังกล่าวมีราษฎรในพื้นที่ได้เข้ามาจับจองเป็นพื้นที่ทำกิน มหาวิทยาลัยจึงได้เข้าทำการเจรจา และชี้แจงวัตถุประสงค์ในการขอใช้พื้นที่กับราษฎร และหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเป็นจำนวนหลายรอบจนทำให้ราษฎรบางส่วนยินดียกพื้นที่ให้กับทางมหาวิทยาลัย แต่ยังมีราษฎรบางส่วนที่ยังประสงค์จะเข้าทำกินในพื้นที่จึงได้ทำหนังสือถึงผู้ตรวจการแผ่นดิน ผู้ตรวจการแผ่นดินจึงวินิจฉัยให้จัดสรรพื้นที่ให้กับราษฎรสามารถเข้าทำกินจำนวน 20 ไร่ และยกพื้นที่ จำนวน 136 ไร่ ให้มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์เข้าบริหารจัดการ

หลังจากที่คณะเกษตรศาสตร์ได้รับนโยบายให้ย้ายมายังพื้นที่ศูนย์ราชการใหม่ เขตโคกเขือ อ.เมือง จ.นราธิวาส ในปี พ.ศ. 2552 คณะผู้บริหารและคณาจารย์ของคณะเกษตรศาสตร์ในขณะนั้นได้เข้าทำการสำรวจและจัดทำแผนพัฒนาพื้นที่ แต่ด้วยสภาพพื้นที่ในขณะนั้นเป็นป่าเสม็ดและป่าสน จึงมีความจำเป็นต้องมีการปรับปรุงพื้นที่ก่อน คณะเกษตรศาสตร์จึงยังไม่พร้อมที่จะย้ายที่ตั้งมายังพื้นที่ดังกล่าวได้ จึงยังใช้พื้นที่ของวิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยีนราธิวาส จัดการเรียนการสอนเช่นเดิมก่อนเป็นระยะเวลา 1 ปี
ปี พ.ศ.2553
หลังจากนั้น ใน พ.ศ. 2553 การปรับพื้นที่เขตศูนย์ราชการใหม่ เขตโคกเขือ เสร็จสมบูรณ์ คณะเกษตรศาสตร์จึงย้ายสำนักงานคณะมายังพื้นที่ศูนย์ราชการใหม่เขตโคกเขือ โดยในระยะแรกได้ขอใช้อาคารปฏิบัติการ คณะวิศวกรรมศาสตร์ ชั้น 3 เป็นที่ตั้งสำนักงานชั่วคราว
ปี พ.ศ.2554
ต่อมาในวันที่ 25 พฤษภาคม 2554 คณะเกษตรศาสตร์ได้ย้ายสำนักงานคณะฯ อีกครั้ง มาที่ ชั้น 3 อาคารคณะ ศิลปศาสตร์
ปี พ.ศ.2560
ต่อมาในปี 2560 มหาวิทยาลัยได้มอบอาคารเรียนสาขาวิชาอิเล็กทรอนิกส์ เขตศูนย์ราชการใหม่ ของวิทยาลัยเทคนิคนราธิวาส ให้กับคณะเกษตรศาสตร์ คณะฯ จึงได้มีการเพิ่มห้องเรียนและห้องปฏิบัติการที่อาคารดังกล่าวเพื่อรองรับการจัดการเรียนการสอนและการวิจัย โดยเริ่มเปิดใช้งานตั้งแต่ปีการศึกษา 2561 เป็นต้นไป